Apsolutnu većinu glasova na prvim slobodnim izborima u Bosni i Hercegovini u studenome 1990. godine dobile su nacionalne stranke koje su predstavljale tri državotvorna, odnosno konstitutivna naroda: Hrvate, Srbe i muslimane (Bošnjake). Koalicija nacionalnih stranaka osvojila je svih sedam mjesta za članove Predsjedništva i 84% mandata u Skupštini SR BiH (u Vijeću općina čak 95% mandata)
u koju je izabrano 41,25% muslimana, 35,41% Srba, 20,41% Hrvata i 2,93% ostalih. Nacionalna struktura Skupštine odražavala je strukturu stanovništva utvrđenu na popisu obavljenom 1991. godine. Manje od 1% stanovništva BiH odbilo se nacionalno izjasniti pa su svrstani u kategoriju „ostali“.
Odnos prema Jugoslaviji i njezinim integrativnim elementima, prije svega prema Jugoslavenskoj narodnoj armiji bio je glavna razdjelnica u međusobnim odnosima triju bosansko-hercegovačkih naroda i triju vladajućih stranaka. To je određivalo „naše“ i „njihove“. Srpski zastupnici zalagali su se za što jaču Jugoslaviju, hrvatski zastupnici bili su uglavnom protiv bilo kakve Jugoslavije, dok su se muslimanski zastupnici izjašnjavali za Jugoslaviju u kojoj bi Bosna i Hercegovina imala isti status kao i druge republike, prije svega Srbija i Hrvatska.
Anketa provedena 1990. u SR BiH pokazala je da je 69,3% stanovništva bilo za federativno uređenje Jugoslavije, a tek 30,7% za konfederalno uređenje koje je podrazumijevalo suverenu državu Bosnu i Hercegovinu, ali i vjerojatan raspad Jugoslavije. Treba napomenuti da je taj broj tek malo viši od broja glasova koji je iste godine HDZ dobio na izborima.
Hrvatska i Slovenija proglasile su 25. lipnja 1991. neovisnost što je izazvalo reakciju jugoslavenske politike i vojske. Nakon neuspjelog pokušaja pasivizacije Slovenije i nakon što su zauzete važne strateške pozicije u Hrvatskoj, predsjedništvo SFRJ je 18. srpnja 1991. donijelo odluku o povlačenju vojnih kapaciteta iz Slovenije u Bosnu i Hercegovinu, Srbiju i Crnu Goru. Rat je sve više prijetio Hrvatskoj i Bosni i Hercegovini gdje su sve češće bivale blokirane prometnice od „naoružanih građana“. Organiziranje „dobrovoljačkih odreda“ i „seoskih straža“ postajalo je uobičajena pojava, kao i balvani na cestama.
Već dulje vrijeme poznate su nam namjere i planovi Jugoslavenske narodne armije koja je još početkom 1991. godine imala razrađen plan za obaranje vlasti u Sloveniji i Hrvatskoj i za „izlaz iz krize“. U tom planu uz ostalo piše: „U Hrvatskoj institucionalno i politički jačati Srpsku krajinu i podržavati njeno odcjepljenje od Hrvatske (ne javno nego de facto). Organizirati masovne prosvjede u Hrvatskoj protiv HDZ-a, Bosnu i Hercegovinu dići na noge 'za Jugoslaviju'„.
Plan presjekaNekadašnji predsjednik predsjedništva SFRJ Borisav Jović iznio je vojne planove u svojoj knjizi „Posljednji dani SFRJ“, gdje uz ostalo piše: „Presjeći Hercegovinu i Hrvatsku na liniji Mostar - Ploče. Tako izrezana Hrvatska bila bi pred kapitulacijom“. To je zapravo citat iz Jovićevog dnevnika, a odnosi se na 20. rujna 1991., kada su u Hercegovinu došli dijelovi Užičkog i Titogradskog korpusa JNA popunjeni rezervistima iz Srbije i Crne Gore.
Sve je to potvrdio i bivši jugoslavenski odnosno srbijanski general Jevrem Cokić koji je po zapovijedi Blagoja Adžića 19. rujna 1991. postavljen na čelo Druge operativne grupe sa sjedištem u Kifinu Selu nedaleko od Nevesinja Odatle je zapovijedao svim snagama JNA i srpskim paravojnim formacijama na prostoru Hercegovine i Dalmacije, koje su činile jedinstveni ratni prostor spomenute Operativne grupe.
Nedavno uhićeni Ratko Mladić, isto je napisao u svome dnevniku, koji je odnedavno dostupan dijelu javnosti. Plan presijecanja Hrvatske kod Ploča nije uspio prije svega zbog političkih podjela unutar srbijanske političke elite, uslijed čega je došlo do urušavanja JNA i izrazito lošeg odziva na mobilizaciju u Srbiji, a zatim (ili možda prije svega) i zbog odlučnosti Hrvata da brane svoju nacionalnu državu i izborenu demokraciju.
Zbog svega toga planovi su reducirani. Cokićeva vojska nije krenula prema Pločama i Splitu, nego je početkom listopada 1991. sravnila Ravno i napala Dubrovnik. Na sve to vlasti u Bosni i Hercegovini nisu reagirale. Još gore, tadašnji predsjednik Predsjedništva Alija Izetbegović izrekao je čuvenu rečenicu „Ovo nije naš rat“. Kako god je danas tumačili (i pravdali) ona je značila samo jedno - To nije muslimanski-bošnjački rat, već je to rat Srba i Hrvata.
Izetbegovića su u takvom stajalištu podržali i Stjepan Kljuić, Jure Pelivan te još neki hrvatski dužnosnici i intelektualci u Sarajevu. Dok se bosansko-hercegovačka vlast odricala rata i pravila se da ne vidi što se događa u Hrvatskoj, koju je JNA razarala, dio hrvatskog političkog vodstva u BiH osnovao je 18. studenoga 1991. Hrvatsku zajednicu Herceg Bosnu (HZ HB) kojom je povezano nekoliko ranije osnovanih obrambenih zajednica Hrvata u BiH. U Odluci o osnivanju naglašeno je da će HZ HB „poštovati demokratski izabranu vlast Republike Bosne i Hercegovine sve dok postoji državna nezavisnost Bosne i Hercegovine u odnosu na bivšu ili svaku drugu Jugoslaviju“.
Stvaranje obrambene zajednice dobilo je potporu i iz Republike Hrvatske ponajprije zbog teške i neizvjesne situacije u kojoj se ona tada nalazila. Isti dan pao je Vukovar i došlo je do teškog stradanja hrvatskog naroda u istočnoj Slavoniji. Hrvatska zajednica Herceg Bosna zamišljena je kao privremeno tijelo vlasti u funkciji obrane onih dijelova Bosne i Hercegovine gdje su Hrvati bili u većini, ili su barem činili značajan udio stanovništva. Osnivači Herceg Bosne vjerovali su da će uz pomoć muslimana uspjeti obraniti te prostore.
Predsjednik HZ HB i dopredsjednik HDZ-a Mate Boban je 28. studenoga 1991. na pitanje: „Zašto Herceg Bosna u ovom trenutku?“ odgovorio: „Bosna ponosna prestala je biti ponosna. Njenim cestama, željeznicom, eterom – kruži zlo. Ona je okupirana. Hrvatski narod, ponosan narod, morao je učiniti nešto da u tome ne sudjeluje, kako bi dao do znanja da to ne želi.“
Alija Izetbegović izabrao je drukčiji način borbe. Umjesto imenovanja agresora i traženja saveznika on se upustio u pregovore s čelnicima JNA koji su već odreda bili ogrezli u zločinu protiv Hrvatske. Našavši se stiješnjen između osvajačke politike Srbije i Jugoslavenskih struktura s jedne strane te Hrvatske koja je dobivala sve veću podršku u svijetu, Izetbegović se odlučio na (Staljinovu odnosno Brozovu) politiku „ekvidistance“. Nije se dao uvući u srpski rat protiv Hrvata niti je ičim stao u njihovu obranu. U tajnosti je spremao obranu svoga muslimanskog naroda i nastojao izboriti međunarodno priznanje, a za tu borbu trebali su mu Hrvati.
Izetbegović je na zatvorenoj proširenoj sjednici Glavnog odbora SDA održanoj u Sarajevu 25. veljače 1992. rekao da je sporazumom u Lisabonu obećao Hrvatima „nekakva nacionalna priznanja“, „nekakvu suverenost“ i „nekakve regije“, a sve to da bi ih pridobio za referendum koji bi bez Hrvata propao. Obećao je i prevario! To je bio ključni trenutak pucanja hrvatsko-muslimanskoga saveza, trenutak kada je Alija Izetbegovićev svjesno i namjerno prevario hrvatsko političko vodstvo i Hrvate.
Hrvati su svoje obećanje ispunili. Svi, ili gotovo svi, hrvatski zastupnici u Skupštini BiH sudjelovali su 25. siječnja 1992. godine u izglasavanju odluke o raspisivanju referenduma koji je raspisan u ranim jutarnjim satima nakon što su srpski zastupnici napustili Skupštinu. Možda nije nevažno reći da je jedan od hrvatskih zastupnika, koji je bio na toj povijesnoj sjednici i glasao za odluku o referendumu o neovisnosti BiH, bio i Mate Boban.
Neosporno je da je političko vodstvo Hrvata u BiH u apsolutnoj većini bilo za neovisnost BiH i da je na njoj ustrajno radilo. Ono što je bilo sporno, a što je i danas sporno, to je kakva ta neovisna BiH treba biti. To su ta „nekakva nacionalna priznanja“, ta „nekakva suverenost“ hrvatskog naroda u BiH, te „nekakve regije“.